（平成22年5月1日現在）
| 部局名 | 名 称 | 設置期間 | 寄附者 | 備 考 |
|---|---|---|---|---|
| 全学 | 微生物化学寄附研究部門 | H20.10.1～H25.9.30 | （財）発酵研究所 | |
| 医学研究科 | 臓器機能保存学講座 | H18.8.1～H23.7.31 | （株）大塚製薬工場 | |
| 集学的がん診療学講座 | H19.4.1～H24.3.31 | ブリストル・マイヤーズ（株）、 （株）ヤクルト本社、 中外製薬（株）、 ノバルティスファーマ（株）、 アストラゼネカ（株）、 武田薬品工業（株）、 日本新薬（株）、 第一製薬（株） |
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| 呼吸管理睡眠制御学講座 | H20.4.1～H25.3.31 | フクダ電子（株）、 帝人ファーマ（株）、 フジ・レスピロニクス（株） |
||
| 探索臨床腫瘍学講座 | （H15.10.1）～（H20.9.30） | 大鵬薬品工業（株） | 更新 | |
| H20.10.1～H25.9.30 | ||||
| 免疫ゲノム医学講座 | （H17.4.1）～（H22.3.31） | 小野薬品工業（株） | 更新 | |
| H22.4.1～H27.3.31 | ||||
| 薬学研究科 | ナノバイオ医薬創成科学講座 | H19.5.1～H24.4.30 | 東レ（株） | |
| システム創薬科学講座 | H20.10.1～H25.9.30 | 小野薬品工業（株） | ||
| 工学研究科 | エネルギー資源開発工学（JAPEX）講座 | H19.5.1～H24.3.31 | 石油資源開発（株） | |
| 社会基盤安全工学（JR西日本）講座 | H20.4.1～H25.3.31 | 西日本旅客鉄道（株） | ||
| 先端電池基礎講座 | H20.7.1～H23.3.31 | トヨタ自動車（株） | ||
| 先進交通ロジスティクス工学 （阪神高速道路）講座 |
H21.4.1～H24.3.31 | 阪神高速道路 関連社会貢献協議会 |
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| 農学研究科 | 産業微生物学講座 | （H18.4.1）～（H21.3.31） | 微生物産業関連企業からの寄附金 「発酵生理学奨学金」 |
更新 |
| H21.4.1～H24.3.31 | ||||
| 「味の素」食の未来戦略講座 | （H18.10.1）～（H21.9.30） | 味の素（株） | 更新 | |
| H21.10.1～H24.9.30 | ||||
| 食と農の安全・倫理論講座 | （H19.4.1）～（H22.3.31） | 永井幸喜、 （株）ロック・フィールド、 エスケー食品（株）、 （株）明石菊水 |
更新 | |
| H22.4.1～ H25.3.31 | ||||
| エネルギー科学研究科 | 『太陽電池シリコン結晶科学』講座 | H22.4.1～H25.3.31 | （株）第一機電、 第一電通（株）、 シャープ（株） |
|
| 地球環境学堂 | 類・岡本 環境農学基礎論分野 | H21.4.1～H24.3.31 | 岡本正、（株）類設計室 | |
| 経営管理研究部 | 企業金融（みずほ証券）講座 | （H17.4.1）～（H20.3.31） | みずほ証券（株） | H18.4.1経済学研究科から移行 更新 |
| H20.4.1～H23.3.31 | ||||
| 京セラ経営哲学寄附講座 | （H19.4.1）～（H22.3.31） | 京セラ（株） | 更新 | |
| H22.4.1～H25.3.31 | ||||
| 化学研究所 | 水化学エネルギー（AGC）研究部門 | H21.4.1～H24.3.31 | 旭硝子（株） | |
| 防災研究所 | 水文環境システム（日本気象協会）研究部門 | H21.10.1～H24.9.30 | （財）日本気象協会 | |
| 防災公共政策（国土技術研究センター）研究部門 | H22.5.1～H27.4.30 | 財団法人国土技術研究センター | ||
| 経済研究所 | 伊藤清博士ガウス賞受賞記念 （野村グループ）数理ファイナンス寄附研究部門 |
H19.10.1～H22.9.30 | 野村ホールディングス（株） | |
| 数理解析研究所 | 伊藤清博士ガウス賞受賞記念 （野村グループ）数理解析寄附研究部門 |
H19.10.1～H22.9.30 | 野村ホールディングス（株） | |
| 原子炉実験所 | 中性子医療高度化研究部門 | H20.4.1～H24.3.31 | ステラファーマ（株） | |
| 霊長類研究所 | 比較認知発達 （ベネッセコーポレーション）研究部門 |
H18.10.1～H23.9.30 | （株）ベネッセコーポレーション | |
| ボノボ（林原）研究部門 | H22.4.1～H25.3.31 | （株）林原 | ||
| 野生動物研究センター | 福祉長寿研究部門 | H19.8.1～H24.7.31 | （株）三和化学研究所 | H20.4.1霊長類研究所から移行 |