（平成19年5月1日現在）
| 部局名 | 名称 |
|---|---|
| 経済学研究科 | 金融・証券システム（大和証券グループ）講座 |
| 医学研究科 | 探索臨床腫瘍学講座 |
| 免疫ゲノム医学講座 | |
| 臓器機能保存学講座 | |
| 集学的がん診療学講座 | |
| 薬学研究科 | 創薬神経科学講座 |
| 医薬品理論設計学講座 | |
| ナノバイオ医薬創成科学講座 | |
| 工学研究科 | 日中環境技術研究講座 |
| エネルギー資源開発工学（JAPEX）講座 | |
| 農学研究科 | 産業微生物学講座 |
| 「味の素」食の未来戦略講座 | |
| 食と農の安全・倫理論講座 | |
| 地球環境学堂 | 森川里海連環学（ベネッセコーポレーション）分野 |
| 経営管理研究部 | 企業金融（みずほ証券）講座 |
| ベンチャーキャピタル／プライベートエクイティ論（三菱UFJキャピタル）講座 | |
| 京セラ経営哲学寄附講座 | |
| 関西経済経営論（関西アーバン銀行）講座 | |
| 再生医科学研究所 | 組織分化制御学研究部門 |
| 経済研究所 | 応用金融工学（野村証券グループ）研究部門 |
| 教育経済学寄附研究部門 | |
| 霊長類研究所 | 比較認知発達（ベネッセコーポレーション）研究部門 |