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2026年4月1日から
| 総長 | 湊 長博 |
| 理事 | 稲垣 恭子 |
| 理事 | 岩井 一宏 |
| 理事 | 江上 雅彦 |
| 理事 | 北川 進 |
| 理事 | 國府 寛司 |
| 理事 | 澤田 拓子 |
| 理事 | 椹木 哲夫 |
| 理事 | 野崎 治子 |
| 理事 | 引原 隆士 |
| 理事 | 吉田 光成 |
| 文学研究科長 | 喜多 千草 | アジア・アフリカ地域研究研究科長 | 中溝 和弥 |
| 文学研究科 | 大河内 泰樹 | アジア・アフリカ地域研究研究科 | 平野 美佐 |
| 文学研究科 | 大槻 信 | 情報学研究科長 | 田中 利幸 |
| 教育学研究科長 | 南部 広孝 | 情報学研究科 | 湊 真一 |
| 教育学研究科 | 田中 智子 | 生命科学研究科長 | 井垣 達吏 |
| 教育学研究科 | 西岡 加名恵 | 生命科学研究科 | 甲斐 歳惠 |
| 法学研究科長 | 笠井 正俊 | 総合生存学館長 | 村上 章 |
| 法学研究科 | 毛利 透 | 総合生存学館 | ディミター ヤルナゾフ |
| 法学研究科 | 橋本 佳幸 | 地球環境学堂長 | 田中 千尋 |
| 経済学研究科長 | 若井 克俊 | 地球環境学堂 | 西前 出 |
| 経済学研究科 | 草野 真樹 | 公共政策連携研究部長 | 諸富 徹 |
| 経済学研究科 | 遊喜 一洋 | 経営管理研究部長 | 山田 忠史 |
| 理学研究科長 | 佐々 真一 | 化学研究所長 | 島川 祐一 |
| 理学研究科 | 田口 聡 | 人文科学研究所長 | 森本 淳生 |
| 理学研究科 | 中務 真人 | 医生物学研究所長 | 朝長 啓造 |
| 医学研究科長 | 波多野 悦朗 | エネルギー理工学研究所長 | 片平 正人 |
| 医学研究科 | 髙折 晃史 | 生存圏研究所長 | 小嶋 浩嗣 |
| 医学研究科 | 藤田 恭之 | 防災研究所長 | 渦岡 良介 |
| 薬学研究科長 | 山下 富義 | 基礎物理学研究所長 | 早川 尚男 |
| 薬学研究科 | 高須 清誠 | 経済研究所長 | 關口 格 |
| 薬学研究科 | 土居 雅夫 | 数理解析研究所長 | 並河 良典 |
| 工学研究科長 | 鈴木 基史 | 複合原子力科学研究所長 | 黒﨑 健 |
| 工学研究科 | 安部 武志 | 東南アジア地域研究研究所長 | 岡本 正明 |
| 工学研究科 | 髙橋 良和 | iPS細胞研究所長 | 江藤 浩之 |
| 農学研究科長 | 田尾 龍太郎 | 学術情報メディアセンター長 | 緒方 広明 |
| 農学研究科 | 栗山 浩一 | 生態学研究センター長 | 木庭 啓介 |
| 農学研究科 | 髙野 俊幸 | フィールド科学教育研究センター長 | 舘野 隆之輔 |
| 人間・環境学研究科長 | 宮下 英明 | ヒト行動進化研究センター | 中村 克樹 |
| 人間・環境学研究科 | 齋木 潤 | 国際高等教育院長 | 大嶋 正裕 |
| 人間・環境学研究科 | 吉田 寿雄 | 附属図書館長 | 永盛 克也 |
| エネルギー科学研究科長 | 馬淵 守 | | |
| エネルギー科学研究科 | 土井 俊哉 | | |
