| 2年 | 3月 | 医用高分子研究センター廃止（10年時限） |
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| | 6月 | 生体医療工学研究センター設置 |
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| | 6月 | 留学生センター設置（国際交流センター廃止） |
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| 3年 | 4月 | 大学院人間・環境学研究科設置 |
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| | 4月 | 生態学研究センター設置 |
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| | 4月 | 木材研究所を木質科学研究所と改称 |
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| 4年 | 10月 | 総合人間学部設置 |
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| 5年 | 3月 | 教養部廃止 |
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| 6年 | 6月 | 高等教育教授システム開発センター設置 |
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| 8年 | 3月 | アフリカ地域研究センター廃止（10年時限） |
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| | 4月 | 大学院エネルギー科学研究科設置 |
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| | 4月 | アフリカ地域研究資料センター設置 |
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| | 4月 | 学生懇話室設置 |
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| | 5月 | 原子エネルギー研究所とヘリオトロン核融合研究センターを統合しエネルギー理工学研究所に改組・転換 |
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| 9年 | 4月 | 総合博物館設置 |
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| | 4月 | 総合情報メディアセンター設置（情報処理教育センター廃止） |
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| 10年 | 4月 | 大学院アジア・アフリカ地域研究研究科設置 |
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| | 4月 | 大学院情報学研究科設置 |
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| | 4月 | 胸部疾患研究所と生体医療工学研究センターを統合し再生医科学研究所に改組・転換 |
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| 11年 | 4月 | 大学院生命科学研究科設置 |
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| | 6月 | 学生懇話室をカウンセリングセンターに改組 |
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| 12年 | 4月 | 超高層電波研究センターを宙空電波科学研究センターに改組 |
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| | 11月 | 大学文書館設置 |
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| 13年 | 4月 | 食糧科学研究所廃止（大学院農学研究科と統合） |
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| | 4月 | 国際融合創造センター設置 |
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| 14年 | 3月 | 大学情報収集・分析センター設置 |
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| | 4月 | 大学院地球環境学舎・学堂設置 |
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| | 4月 | 大型計算機センターと総合情報メディアセンターを統合し学術情報メディアセンターに改組・転換 |
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| | 4月 | 低温物質科学研究センター設置 |
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| | 4月 | 福井謙一記念研究センター設置 |
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| 15年 | 4月 | 高等教育研究開発推進機構設置 |
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| | 4月 | 高等教育研究開発推進センター設置 |
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| | 4月 | 高等教育教授システム開発センター廃止 |
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| | 4月 | フィールド科学教育研究センター設置 |
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| | 4月 | 農学研究科附属演習林廃止 |
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| | 4月 | 体育指導センター廃止 |
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| | 10月 | 医学部保健学科設置 |
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| 16年 | 4月 | 国立大学法人京都大学設立 |
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| | | 法学研究科基礎法学専攻、公法専攻、民刑事専攻、政治学専攻を法政理論専攻、国際公共政策専攻（修士課程）、法曹養成専攻（修士課程、法科大学院）に改組 |
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| | 4月 | 木質科学研究所と宙空電波科学研究センターを統合し生存圏研究所に改組・転換 |
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| | 4月 | 東南アジア研究センターを廃止･転換し、東南アジア研究所附置 |
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| | 4月 | 遺伝子実験施設廃止 |
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| | 12月 | 大学情報収集・分析センター廃止 |
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| 17年 | 4月 | 環境安全保健機構設置 |
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| | 4月 | 国際イノベーション機構設置 |
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| | 4月 | 国際交流推進機構設置 |
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| | 4月 | 情報環境機構設置 |
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| | 4月 | 図書館機構設置 |
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| | 4月 | 留学生センターを国際交流センターに改組 |
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| 18年 | 4月 | 大学院公共政策連携研究部・公共政策教育部設置 |
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| | 4月 | 大学院経営管理研究部・経営管理教育部設置 |
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| | 4月 | 地域研究統合情報センター設置 |
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| | 4月 | ナノメディシン融合教育ユニット設置 |
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| | 4月 | 生存基盤科学研究ユニット設置 |
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| | 7月 | 次世代開拓研究ユニット設置 |
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| | 9月 | 女性研究者支援センター設置 |
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| 19年 | 4月 | こころの未来研究センター設置 |
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| | 4月 | 先端医工学研究ユニット設置 |
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| | 4月 | 生命科学系キャリアパス形成ユニット設置 |
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| | 4月 | 医療技術短期大学部廃止 |
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| | 7月 | 国際イノベーション機構廃止 |
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| | 7月 | 産官学連携本部設置 |
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| | 7月 | 国際融合創造センターを産官学連携センターに改組 |
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| | 10月 | 物質－細胞統合システム拠点設置 |
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| 20年 | 4月 | 野生動物研究センター設置 |
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| | 4月 | 埋蔵文化財研究センター廃止 |
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| | 4月 | 文化財総合研究センター設置 |
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| | 4月 | 宇宙総合学研究ユニット設置 |
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| | 10月 | 先端技術グローバルリーダー養成ユニット設置 |
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| 21年 | 9月 | 次世代研究者育成センター設置 |
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| 22年 | 3月 | 学際融合教育研究推進センター設置 |
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| | 4月 | iPS細胞研究所設置 |
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| | 4月 | 産官学連携センター廃止（産官学連携本部に統合） |
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| | 4月 | ナノメディシン融合教育ユニット廃止 |
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| | 4月 | 先端医工学研究ユニット廃止 |
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| | 4月 | 生命科学系キャリアパス形成ユニット廃止 |
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| 23年 | 4月 | 放射性同位元素総合センター廃止（環境安全保健機構に統合） |
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| | 4月 | 環境保全センター廃止（環境安全保健機構に統合） |
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| | 4月 | 国際交流センター廃止（国際交流推進機構に統合） |
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| | 4月 | 保健管理センター廃止（環境安全保健機構に統合） |
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| | 4月 | 生存基盤科学研究ユニット廃止 |
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| | 4月 | 次世代開拓研究ユニット廃止 |
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| 24年 | 4月 | 次世代研究者育成センターを白眉センターと改称 |
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| 25年 | 4月 | 大学院総合生存学館設置 |
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| | 4月 | 高等教育研究開発推進機構廃止 |
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| | 4月 | 国際高等教育院設置 |
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| | 4月 | 先端技術グローバルリーダー養成ユニット廃止 |
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| | 4月 | 宇宙総合学研究ユニット廃止 |
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| | 8月 | カウンセリングセンター廃止 |
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| | 8月 | 学生総合支援センター設置 |
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| 26年 | 4月 | 女性研究者支援センター廃止 |
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| | 4月 | 男女共同参画推進本部設置 |
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| 27年 | 4月 | 研究連携基盤設置 |
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| 28年 | 4月 | 低温物質科学研究センター廃止（環境安全保健機構に統合） |
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| | 4月 | 国際交流推進機構廃止 |
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| | 4月 | 国際戦略本部設置 |
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| | 4月 | 高等研究院設置 |
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| | 10月 | 再生医科学研究所とウイルス研究所を統合しウイルス・再生医科学研究所に改組 |
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| 29年 | 1月 | 東南アジア研究所と地域研究統合情報センターを統合し東南アジア地域研究研究所に改組 |
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| | 4月 | 物質－細胞統合システム拠点を高等研究院物質－細胞統合システム拠点に改組 |
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| 30年 | 4月 | 放射線生物研究センター廃止（大学院生命科学研究科に統合） |
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| | 4月 | 原子炉実験所を複合原子力科学研究所と改称 |
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| | 4月 | 大学院横断教育プログラム推進センター設置 |
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| | 10月 | 高等研究院ヒト生物学高等研究拠点設置 |
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| 31年 | 4月 | 文化財総合研究センター廃止（文学研究科に統合） |
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