（平成16年5月1日現在）
| 部局名 | 協定締結数 |
|---|---|
| 文学研究科・文学部 | 4 |
| 教育学研究科・教育学部 | 3 |
| 法学研究科・法学部 | 1 |
| 経済学研究科・経済学部 | 10 |
| 理学研究科・理学部 | 4 |
| 医学研究科・医学部 | 4 |
| 薬学研究科・薬学部 | 3 |
| 工学研究科・工学部 | 12 |
| 農学研究科・農学部 | 12 |
| アジア・アフリカ地域研究研究科 | 2 |
| 情報学研究科 | 8 |
| 生命科学研究科 | 1 |
| 地球環境学堂 | 1 |
| 化学研究所 | 19 |
| 人文科学研究所 | 3 |
| 再生医科学研究所 | 1 |
| エネルギー理工学研究所 | 22 |
| 生存圏研究所 | 11 |
| 防災研究所 | 14 |
| 基礎物理学研究所 | 3 |
| 数理解析研究所 | 2 |
| 原子炉実験所 | 18 |
| 霊長類研究所 | 2 |
| 東南アジア研究所 | 6 |
| 学術情報メディアセンター | 1 |
| アフリカ地域研究資料センター | 14 |
| 生態学研究センター | 1 |
| フィールド科学教育研究センター | 1 |
| 東南アジア研究所、アジア・アフリカ地域研究研究科 | 5 |
| 医学部、再生医科学研究所 | 1 |
| 工学研究科・工学部、エネルギー科学研究科 | 1 |
| 工学研究科・工学部、エネルギー科学研究科、情報学研究科 | 10 |
| 工学研究科・工学部、エネルギー科学研究科、地球環境学堂 | 3 |
| 工学研究科・工学部、エネルギー科学研究科、情報学研究科、地球環境学堂 | 4 |
| 計 | 207 |