（平成16年5月1日現在）
| 部局・構内等 | 土地面積 （平方メートル） |
※ |
|---|---|---|
| 京都（市内） | ||
| 本部構内 | 162,270 | 11.04 |
| 北部構内 | 213,348 | 14.51 |
| 西部構内 | 31,245 | 2.13 |
| 吉田南構内 | 83,964 | 5.71 |
| 医学部構内 | 63,494 | 4.32 |
| 薬学部構内 | 43,515 | 2.96 |
| 病院構内 | 143,654 | 9.77 |
| 羽田記念館（文） | 448 | 0.03 |
| 花山天文台（理） | 25,005 | 1.70 |
| 上賀茂地学観測所（理） | 31,760 | 2.16 |
| 納骨墓地（医） | 683 | 0.05 |
| 上賀茂試験地（フ） | 469,663 | 31.95 |
| 漢字情報研究センター（人） | 4,228 | 0.29 |
| 災害観測実験センター宇治川水理実験所（防） | 68,263 | 4.64 |
| 基礎物理学研究所・数理解析研究所 | 262 | 0.02 |
| 共同利用研究者宿泊所 | 0.00 | |
| 清風荘 | 12,535 | 0.85 |
| 熊野構内 | 15,081 | 1.03 |
| 学生寄宿舎室町寮 | 1,300 | 0.09 |
| 国際交流会館 | 6,185 | 0.42 |
| アメリカンフットボール部クラブハウス | 330 | 0.02 |
| 清風会館 | 725 | 0.05 |
| 桂構内 | 376,232 | 25.59 |
| 福井謙一記念研究センター | 3,306 | 0.22 |
| その他 | 542 | 0.04 |
| 京都（府下） | ||
| 宇治構内 | 215,641 | 14.67 |
| 宇治総合運動場 | 55,296 | 3.76 |
| 牧場（農） | 156,245 | 10.63 |
| 栽培植物起原学研究室分室（農） | 6,081 | 0.41 |
| 舞鶴水産実験所（フ） | 45,226 | 3.08 |
| 芦生研究林（フ） | 21,958,207 | 1493.76 |
| その他 | 978 | 0.07 |
| 滋賀 | ||
| 生態学研究センター | 47,970 | 3.26 |
| 地震予知研究センター逢坂山観測所（防） | 610 | 0.04 |
| 環境質制御研究センター（工） | 2,492 | 0.17 |
| 信楽MU観測所（生存） | 78,102 | 5.31 |
| 艇庫 | 2,274 | 0.15 |
| その他 | 1,904 | 0.13 |
| 大阪 | ||
| 地震予知研究センター阿武山観測所（防） | 98,637 | 6.71 |
| 農場（農） | 161,903 | 11.01 |
| 原子炉実験所 | 383,071 | 26.06 |
| その他 | 349 | 0.02 |
| 奈良 | ||
| 大宇陀観測所（理） | 1,583 | 0.11 |
| 地震予知研究センター屯鶴峯観測所（防） | 675 | 0.05 |
| その他 | 1,344 | 0.09 |
| 和歌山 | ||
| 瀬戸臨海実験所（フ） | 67,361 | 4.58 |
| 紀伊大島実験所（フ） | 117,505 | 7.99 |
| 和歌山研究林（フ） | 703,566 | 47.86 |
| 災害観測実験センター白浜海象観測所（防） | 3,818 | 0.26 |
| 災害観測実験センター潮岬風力実験所（防） | 4,086 | 0.28 |
| その他 | 274 | 0.02 |
| 北海道 | ||
| 北海道研究林（フ） | 21,983,044 | 1495.45 |
| 新潟 | ||
| 災害観測実験センター大潟波浪観測所（防） | 5,303 | 0.36 |
| その他 | 1,000 | 0.07 |
| 福井 | ||
| 地震予知研究センター北陸観測所（防） | 2,848 | 0.19 |
| 長野 | ||
| 木曽生物学研究所（理） | 4,757 | 0.32 |
| 白馬山の家 | 330 | 0.02 |
| その他 | 1,129 | 0.08 |
| 岐阜 | ||
| 飛騨天文台（理） | 244,752 | 16.65 |
| 地震予知研究センター上宝観測所（防） | 4,519 | 0.31 |
| 災害観測実験センター穂高砂防観測所（防） | 11,415 | 0.78 |
| 愛知 | ||
| 霊長類研究所 | 62,706 | 4.27 |
| 鳥取 | ||
| 地震予知研究センター鳥取観測所（防） | 1,172 | 0.08 |
| 山口 | ||
| 徳山試験地（フ） | 418,518 | 28.47 |
| 徳島 | ||
| 地震予知研究センター徳島観測所（防） | 1,557 | 0.11 |
| 斜面災害研究センター（防） | 1,943 | 0.13 |
| 熊本 | ||
| 地球熱学研究施設火山研究センター（理） | 390,032 | 26.53 |
| 大分 | ||
| 地球熱学研究施設（理） | 23,058 | 1.57 |
| その他 | 350 | 0.02 |
| 宮崎 | ||
| 地震予知研究センター宮崎観測所（防） | 4,278 | 0.29 |
| ニホンザル野外観察施設幸島観測所（霊） | 5,651 | 0.38 |
| 鹿児島 | ||
| 吹上浜野外シロアリ試験地（生存） | 17,009 | 1.16 |
| 火山活動研究センター（防） | 52,966 | 3.60 |
| その他 | 1,869 | 0.13 |
| その他 | ||
| 11,539 | 0.78 | |
| 合計 | 49,124,981 | 3341.84 |
総敷地面積のうち、借地及び地上権を有する土地を除いた面積 25,840,957
※は甲子園球場（14,700平方メートル）を1とした場合の数値