（平成15年5月1日現在）
| 都道府県 | 部局・構内等 | 土地面積（㎡） | 甲子園球場何個分？ |
|---|---|---|---|
| 京都 （市内） |
本部構内 | 162,270 | 11.04 |
| 北部構内 | 208,871 | 14.21 | |
| 西部構内 | 31,235 | 2.12 | |
| 吉田南構内 | 83,964 | 5.71 | |
| 医学部構内 | 63,494 | 4.32 | |
| 薬学部構内 | 43,515 | 2.96 | |
| 病院構内 | 143,654 | 9.77 | |
| 羽田記念館（文） | 448 | 0.03 | |
| 花山天文台（理） | 25,005 | 1.7 | |
| 上賀茂地学観測所（理） | 31,760 | 2.16 | |
| 納骨墓地（医） | 683 | 0.05 | |
| 上賀茂試験地（フ） | 501,017 | 34.08 | |
| 漢字情報研究センター（人） | 4,228 | 0.29 | |
| 災害観測実験センター宇治川水理実験所（防） | 68,263 | 4.64 | |
| 基礎物理学研究所・数理解析研究所 | 262 | 0.02 | |
| 共同利用研究者宿泊所 | 0 | ||
| 清風荘 | 12,535 | 0.85 | |
| 熊野構内 | 15,081 | 1.03 | |
| 吉田山浄水場 | 2,743 | 0.19 | |
| 学生寄宿舎室町寮 | 1,300 | 0.09 | |
| 国際交流会館 | 6,185 | 0.42 | |
| アメリカンフットボール部クラブハウス | 330 | 0.02 | |
| 清風会館 | 725 | 0.05 | |
| 桂構内 | 372,361 | 25.33 | |
| 福井謙一記念研究センター | 3,306 | 0.22 | |
| その他 | 700 | 0.05 | |
| 京都 （府下） |
宇治構内 | 215,641 | 14.67 |
| 宇治総合運動場 | 55,296 | 3.76 | |
| 牧場（農） | 156,245 | 10.63 | |
| 栽培植物起原学研究室分室（農） | 6,081 | 0.41 | |
| 舞鶴水産実験所（フ） | 45,226 | 3.08 | |
| 芦生研究林（フ） | 21,958,207 | 1493.76 | |
| その他 | 978 | 0.07 | |
| 滋賀 | 生態学研究センター | 47,970 | 3.26 |
| 地震予知研究センター逢坂山観測所（防） | 610 | 0.04 | |
| 環境質制御研究センター（工） | 2,492 | 0.17 | |
| 信楽ＭＵ観測所（宙） | 78,102 | 5.31 | |
| 艇庫 | 2,274 | 0.15 | |
| その他 | 1,904 | 0.13 | |
| 大阪 | 地震予知研究センター阿武山観測所（防） | 98,637 | 6.71 |
| 農場（農） | 161,903 | 11.01 | |
| 原子炉実験所 | 385,918 | 26.25 | |
| その他 | 349 | 0.02 | |
| 奈良 | 大宇陀観測所（理） | 1,583 | 0.11 |
| 地震予知研究センター屯鶴峯観測所（防） | 675 | 0.05 | |
| その他 | 1,344 | 0.09 | |
| 和歌山 | 瀬戸臨海実験所（フ） | 67,361 | 4.58 |
| 紀伊大島実験所（フ） | 117,505 | 7.99 | |
| 和歌山研究林（フ） | 703,566 | 47.86 | |
| 災害観測実験センター白浜海象観測所（防） | 3,818 | 0.26 | |
| 災害観測実験センター潮岬風力実験所（防） | 4,086 | 0.28 | |
| その他 | 274 | 0.02 | |
| 北海道 | 北海道研究林（フ） | 21,983,044 | 1495.45 |
| 新潟 | 災害観測実験センター大潟波浪観測所（防） | 5,303 | 0.36 |
| その他 | 1,000 | 0.07 | |
| 福井 | 地震予知研究センター北陸観測所（防） | 2,848 | 0.19 |
| 長野 | 木曽生物学研究所（理） | 4,757 | 0.32 |
| 上松赤外線望遠鏡観測室（理） | 500 | 0.03 | |
| 白馬山の家 | 330 | 0.02 | |
| その他 | 1,129 | 0.08 | |
| 岐阜 | 飛騨天文台（理） | 244,752 | 16.65 |
| 地震予知研究センター上宝観測所（防） | 4,519 | 0.31 | |
| 災害観測実験センター穂高砂防観測所（防） | 11,415 | 0.78 | |
| 愛知 | 霊長類研究所 | 45,748 | 3.11 |
| 鳥取 | 地震予知研究センター鳥取観測所（防） | 1,176 | 0.08 |
| 山口 | 徳山試験地（フ） | 418,518 | 28.47 |
| 徳島 | 地震予知研究センター徳島観測所（防） | 1,557 | 0.11 |
| 斜面災害研究センター（防） | 2,053 | 0.14 | |
| 熊本 | 地球熱学研究施設火山研究センター（理） | 390,690 | 26.58 |
| 大分 | 地球熱学研究施設（理） | 23,058 | 1.57 |
| その他 | 350 | 0.02 | |
| 宮崎 | 地震予知研究センター宮崎観測所（防） | 4,278 | 0.29 |
| ニホンザル野外観察施設幸島観測所（霊） | 5,651 | 0.38 | |
| 鹿児島 | 吹上浜野外シロアリ試験地（木） | 17,009 | 1.16 |
| 火山活動研究センター（防） | 53,076 | 3.61 | |
| その他 | 1,869 | 0.13 | |
| その他 | 11,539 | 0.78 | |
| 合計 | 49,138,149 | 3342.73 | |