（平成17年5月1日現在）
| 部局名 | 17年度建物面積 (平方メートル) |
|---|---|
| 附属図書館 | 12,861 |
| 総合人間学部 | 4,208 |
| 文学研究科・文学部 | 17,760 |
| 教育学研究科・教育学部 | 5,582 |
| 法学研究科・法学部 | 26,314 |
| 経済学研究科・経済学部 | 11,060 |
| 理学研究科・理学部・生命科学研究科 | 93,397 |
| 医学研究科・医学部 | 75,930 |
| 医学部附属病院 | 107,216 |
| 薬学研究科・薬学部 | 17,089 |
| 工学研究科・工学部・エネルギー科学研究科・情報学研究科 | 191,346 |
| 農学研究科・農学部 | 58,543 |
| 農学研究科附属農場 | 5,347 |
| 人間・環境学研究科 | 27,473 |
| アジア・アフリカ地域研究研究科 | 4,912 |
| 地球環境学舎・学堂 | 2,962 |
| 化学研究所 | 28,835 |
| 人文科学研究所 | 7,201 |
| 再生医科学研究所 | 13,448 |
| エネルギー理工学研究所 | 17,545 |
| 防災研究所 | 47,057 |
| 基礎物理学研究所 | 5,018 |
| ウイルス研究所 | 8,828 |
| 経済研究所 | 3,182 |
| 数理解析研究所 | 4,020 |
| 原子炉実験所 | 23,061 |
| 霊長類研究所 | 11,081 |
| 生存圏研究所 | 14,246 |
| 東南アジア研究所 | 5,526 |
| 学術情報メディアセンター | 9,528 |
| 放射線生物研究センター | 2,509 |
| 生態学研究センター | 4,645 |
| 放射性同位元素総合センター | 5,633 |
| 環境保全センター | 1,679 |
| 留学生センター | 1,281 |
| 高等教育研究開発推進センター | 999 |
| 総合博物館 | 12,298 |
| 国際融合創造センター | 7,223 |
| 低温物質科学研究センター | 1,519 |
| フィールド科学教育研究センター | 15,616 |
| 福井謙一記念研究センター | 2,493 |
| 保健管理センター | 1,632 |
| 埋蔵文化財研究センター | 728 |
| 医療技術短期大学部 | 9,487 |
| 共通教育推進部 | 19,549 |
| その他の管理施設 | 143,737 |
| 職員宿舎 | 40,575 |
| 計 | 1,132,179 |