（平成15年5月1日現在）
| 部局名 | 建物面積（㎡） |
|---|---|
| 附属図書館 | 14,011 |
| 共通教育推進部 | 19,573 |
| 総合人間学部 | 8,080 |
| 文学研究科・文学部 | 18,128 |
| 教育学研究科・教育学部 | 5,689 |
| 法学研究科・法学部 | 22,969 |
| 経済学研究科・経済学部 | 8,158 |
| 理学研究科・理学部・生命科学研究科 | 77,850 |
| 医学研究科・医学部 | 73,614 |
| 医学部附属病院 | 118,579 |
| 薬学研究科・薬学部 | 16,514 |
| 工学研究科・工学部・エネルギー科学研究科・情報学研究科 | 206,654 |
| 農学研究科・農学部 | 52,076 |
| 農学研究科附属農場 | 5,316 |
| 人間・環境学研究科 | 18,935 |
| アジア・アフリカ地域研究研究科 | 2,996 |
| 地球環境学舎・学堂 | 2,717 |
| 化学研究所 | 22,352 |
| 人文科学研究所 | 7,481 |
| 再生医科学研究所 | 14,114 |
| エネルギー理工学研究所 | 19,046 |
| 木質科学研究所 | 6,690 |
| 防災研究所 | 47,644 |
| 基礎物理学研究所 | 5,684 |
| ウイルス研究所 | 10,002 |
| 経済研究所 | 3,150 |
| 数理解析研究所 | 4,103 |
| 原子炉実験所 | 23,715 |
| 霊長類研究所 | 12,854 |
| 東南アジア研究センター | 5,705 |
| 学術情報メディアセンター | 10,529 |
| 放射線生物研究センター | 2,650 |
| 宙空電波科学研究センター | 4,883 |
| 生態学研究センター | 4,751 |
| 放射性同位元素総合センター | 6,377 |
| 環境保全センター | 1,101 |
| 遺伝子実験施設 | 1,588 |
| 留学生センター | 1,361 |
| 高等教育研究開発推進センター | 509 |
| 総合博物館 | 13,263 |
| 国際融合創造センター | 1,210 |
| 低温物質科学研究センター | 1,652 |
| フィールド科学教育研究センター | 18,188 |
| 福井謙一記念研究センター | 2,588 |
| 保健管理センター | 1,383 |
| 埋蔵文化財研究センター | 778 |
| 医療技術短期大学部 | 9,190 |
| その他管理部門 | 80,665 |
| 職員宿舎 | 25,241 |
| 計 | 1,042,306 |