- 文学研究科
- 教育研究科
- 法学研究科
- 経済学研究科
- 理学研究科
- 医学研究科
- 医学部附属病院
- 薬学研究科
- 工学研究科
- 農学研究科
- 人間・環境学研究科
- エネルギー科学研究科
- アジア・アフリカ地域研究研究科
- 情報学研究科
- 生命科学研究科
- 総合生存学館
- 地球環境学堂
- 公共政策連携研究部
- 経営管理研究部
- 化学研究所
- 人文科学研究所
- 再生医科学研究所
- 生存圏研究所
- 防災研究所
- 基礎物理学研究所
- ウイルス研究所
- 経済研究所
- 数理解析研究所
- 原子炉実験所
- 霊長類研究所
- 東南アジア研究所
- iPS細胞研究所
- 附属図書館
- 学術情報メディアセンター
- 放射線生物研究センター
- 生態学研究センター
- 地域研究統合情報センター
- 野生動物研究センター
- 高等教育研究開発推進センター
- 総合博物館
- 低温物質科学研究センター
- フィールド科学教育研究センター
- 福井謙一記念研究センター
- こころの未来研究センター
- 文化財総合研究センター
- 学生総合支援センター
- 大学文書館
- アフリカ地域研究資料センター
- 女性研究者支援センター
- 白眉センター
- 学際融合教育研究推進センター
- 国際高等教育院
- 環境安全保健機構
- 国際交流推進機構
- 情報環境機構
- 図書館機構
- 産官学連携本部
- 物質―細胞統合システム拠点
- 本部構内（文系）共通事務部
- 本部構内（理系）共通事務部
- 吉田南構内共通事務部
- 吉田南構内共通事務部 医学・病院構内共通事務部
- 南西地区共通事務部
- 北部構内共通事務部
- 宇治地区事務部
- 桂地区（工学研究科）事務部