化学研究所
- 附属先端ビームナノ科学センター
- 附属元素科学国際研究センター
- 附属バイオインフォマティクスセンター
人文科学研究所
- 附属東アジア人文情報学研究センター
- 附属現代中国研究センター
医生物学研究所
- 附属感染症モデル研究センター
- 附属再生実験動物施設
- 附属ヒトES細胞研究センター
エネルギー理工学研究所
- 附属エネルギー複合機構研究センター
- 附属カーボンネガティブ・エネルギー研究センター
生存圏研究所
- 生存圏未来開拓研究センター
防災研究所
- 附属巨大災害研究センター
- 附属地震災害研究センター
- 附属火山活動研究センタ－
- 附属斜面未災学研究センター
- 附属流域災害研究センター
- 附属水資源環境研究センター
基礎物理学研究所
経済研究所
- 附属複雑系経済研究センター
- 附属先端政策分析研究センター
数理解析研究所
- 附属計算機構研究施設
複合原子力科学研究所
- 附属粒子線腫瘍学研究センター
- 附属安全原子力システム研究センター