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2018年10月1日から
| 総長 | 山極 壽一 |
| 理事 | 阿曽沼 慎司 |
| 理事 | 稲葉 カヨ |
| 理事 | 川添 信介 |
| 理事 | 北野 正雄 |
| 理事 | 佐藤 直樹 |
| 理事 | 湊 長博 |
| 理事 | 森田 正信 |
| 文学研究科長 | 南川 高志 | 工学研究科長 | 大嶋 正裕 |
| 文学研究科 | 中畑 正志 | 工学研究科 | 椹木 哲夫 |
| 文学研究科 | 松田 素二 | 工学研究科 | 米田 稔 |
| 教育学研究科長 | 稲垣 恭子 | 農学研究科長 | 縄田 栄治 |
| 教育学研究科 | 楠見 孝 | 農学研究科 | 村上 章 |
| 教育学研究科 | 矢野 智司 | 農学研究科 | 澤山 茂樹 |
| 法学研究科長 | 洲崎 博史 | 人間・環境学研究科長 | 杉山 雅人 |
| 法学研究科 | 淺田 正彦 | 人間・環境学研究科 | 石川 尚人 |
| 法学研究科 | 塩見 淳 | 人間・環境学研究科 | 小山 静子 |
| 経済学研究科長 | 江上 雅彦 | エネルギー科学研究科長 | 石原 慶一 |
| 経済学研究科 | 黒澤 隆文 | エネルギー科学研究科 | 東野 達 |
| 経済学研究科 | 若林 直樹 | アジア・アフリカ地域研究研究科長 | 玉田 芳史 |
| 理学研究科長 | 平野 丈夫 | アジア・アフリカ地域研究研究科 | 池野 旬 |
| 理学研究科 | 平島 崇男 | 情報学研究科長 | 中村 佳正 |
| 理学研究科 | 田中 耕一郎 | 情報学研究科 | 河原 達也 |
| 医学研究科長 | 岩井 一宏 | 生命科学研究科長 | 垣塚 彰 |
| 医学研究科 | 萩原 正敏 | 生命科学研究科 | 福澤 秀哉 |
| 医学研究科 | 稲垣 暢也 | 総合生存学館長 | 寶 馨 |
| 薬学研究科長 | 中山 和久 | 総合生存学館 | 池田 裕一 |
| 薬学研究科 | 金子 周司 | 地球環境学堂長 | 舟川 晋也 |
| 薬学研究科 | 加藤 博章 | 地球環境学堂 | 勝見 武 |
| 公共政策連携研究部長 | 岩本 武和 | 霊長類研究所長 | 湯本 貴和 |
| 経営管理研究部長 | 原 良憲 | 東南アジア地域研究研究所長 | 速水 洋子 |
| 化学研究所長 | 辻井 敬亘 | iPS細胞研究所長 | 山中 伸弥 |
| 人文科学研究所長 | 髙木 博志 | フィールド科学教育研究センター長 | 山下 洋 |
| ウイルス・再生医科学研究所長 | 小柳 義夫 | 生態学研究センター長 | 中野 伸一 |
| エネルギー理工学研究所長 | 岸本 泰明 | 学術情報メディアセンター長 | 中村 裕一 |
| 生存圏研究所長 | 渡邊 隆司 | こころの未来研究センター長 | 河合 俊雄 |
| 防災研究所長 | 中川 一 | 国際高等教育院長 | 宮川 恒 |
| 基礎物理学研究所長 | 青木 愼也 | 附属図書館長 | 引原 隆士 |
| 経済研究所長 | 溝端 佐登史 | | |
| 数理解析研究所長 | 山田 道夫 | | |
| 複合原子力科学研究所長 | 川端 祐司 | | |
